Lancement attendu

La plateforme MIMsOmic facilitera la recherche en génomique en automatisant les analyses bio-informatiques.

20 Juin 2017 à 9H22

Double hélice d'ADN visible sous microscope.Photo: iStock

«La révolution génomique, amorcée depuis 20 ans grâce au séquençage de l'ADN, est une révolution médicale, car notre génome commence à définir la manière dont nous sommes soignés», affirme Sarah Jenna, professeure au Département de chimie et PDG de My Intelligent Machines, une jeune pousse appelée plus simplement MIMs.

On assiste effectivement au développement de la médecine personnalisée ou médecine de précision: des tests diagnostiques basés sur le génome sont utilisés pour nous soigner. «Cela permet de donner le bon médicament – ou le bon traitement – au bon patient, à la bonne dose et au bon moment», résume Sarah Jenna. Les trois fondateurs de MIMs, Abdoulaye Baniré Diallo, professeur au Département d'informatique spécialisé en bio-informatique, Mickaël Camus, spécialiste en intelligence artificielle, et Sarah Jenna, lanceront au mois de juillet une plateforme infonuagique, MIMsOmic, qui vise à faciliter la recherche post-génomique et à accélérer l'implantation de la médecine de précision dans les hôpitaux.

Sarah JennaPhoto: Soufiene Benramdhane 

Le travail de recherche menant ultimement à la création et à l'homologation de tests diagnostiques s'amorce bien souvent dans les laboratoires universitaires, où les biologistes sont en quête de biomarqueurs permettant de déterminer si un patient répondra positivement ou non à un traitement donné. Le principal défi de ce type d'étude réside dans la quantité de données génomiques, protéomiques ou métabolimiques à analyser. «Le volume d'information à traiter est tel qu'il faut utiliser un algorithme complexe et donc s'adjoindre les services d'un bio-informaticien», souligne Sarah Jenna, spécialiste en génétique développementale et en génomique. «Dans 80 % des cas, les demandes des biologistes ne nécessitent pas la création d'un nouvel algorithme, précise Abdoulaye Baniré Diallo. Il suffit de choisir le bon… parmi les 15 000 algorithmes qui existent déjà!»

Automatiser le travail du bio-informaticien

Collaborateurs de longue date, Sarah Jenna et Abdoulaye Baniré Diallo estiment que la difficulté d'accès aux services des bio-informaticiens constitue le principal facteur freinant la recherche en génomique. Les bio-informaticiens, de plus en plus en demande, sont en effet très peu nombreux. «Un prof m'a raconté qu'il lui a fallu quatre mois pour trouver un bio-informaticien capable de l'aider à effectuer ses analyses», raconte Sarah Jenna. Le temps moyen pour effectuer une analyse simple est d'environ quatre semaines. «Si un projet est subventionné sur trois ans et que le chercheur passe presque six mois à mettre la main sur un bio-informaticien, imaginez s'il doit refaire d'autres analyses un an plus tard, illustre la professeure. Il lui faudra trouver un autre bio-informaticien – car rien ne garantit que le premier sera disponible – et lui réexpliquer son projet. Ce n'est pas très efficace…» La solution? Automatiser le travail effectué par les bio-informaticiens à l'aide d'une plateforme infonuagique, et à moindre coût.

Des résultats en 48 heures!

Abdoulaye Baniré Diallo
Photo: Sarah Jenna

MIMsOmic est une plateforme infonuagique dotée d'une intelligence artificielle. Elle «comprend» la problématique de recherche du biologiste, récupère ses données, en identifie d'autres qui pourraient être pertinentes dans les bases publiques et privées, sélectionne les algorithmes appropriés, analyse les données, et génèrent des graphiques et des textes explicatifs, parmi lesquels des articles de référence en lien avec l'algorithme utilisé. «Tout ce que le biologiste a à faire est de préciser sa question de recherche en discutant avec la plateforme et d'entrer ses données, le cas échéant. Tout le reste est automatisé, précise Sarah Jenna. Lorsqu'une demande est lancée, il suffit de 24 à 48 heures avant d'obtenir les résultats.»

La plateforme sera disponible sur ordinateur, tablette ou téléphone intelligent. «Un biologiste pourra lancer une analyse à partir de son téléphone, où qu'il soit, ajoute la chercheuse. Plus besoin d'un méga ordinateur ultra performant. C'est le summum de l'accessibilité!»

Les chercheurs intéressés par la plateforme MIMsOmic pourront s'abonner selon une grille de tarifs annuels ou mensuels. «Les chercheurs universitaires bénéficieront de prix spéciaux», souligne Sarah Jenna.

La voie de l'avenir

L'approche visant à étudier un seul gène à la fois est révolue. «Les biologistes doivent dorénavant s'intéresser aux recherches menées à l'aide des outils de la bio-informatique, autrement ils ne seront plus subventionnés, constate Sarah Jenna. Or, sur environ 1,6 million d'experts en biologie moléculaire et en génétique dans le monde, nous ne sommes que 500 000 à utiliser des données génomiques, protéomiques et métabolimiques. Il faut faire connaître la bio-informatique pour inciter davantage de chercheurs à s'y intéresser et fournir des outils performants pour réaliser les études.»

Ces précieux algorithmes

Une quarantaine de chercheurs spécialisés dans le cancer de la peau ont été sélectionnés pour être les premiers utilisateurs de la plateforme MIMsOmic dès son lancement officiel en juillet prochain – les chercheurs souhaitant participer à ces essais peuvent s'enregistrer au mims.ai.

Mickaël Camus
Photo: Sarah Jenna

La plateforme utilisera au départ une quinzaine d'algorithmes permettant de répondre à une vingtaine de questions de recherche, dont certaines associées à l'analyse RNA-Seq – une technologie qui utilise le séquençage à haut débit pour identifier et quantifier l'ARN issu de la transcription du génome à un moment donné. «Le but n'est pas d'utiliser les 15 000 algorithmes existants, mais de sélectionner les meilleurs pour les besoins spécifiques de la recherche visant à améliorer la médecine personnalisée, note Abdoulaye Baniré Diallo. Sarah et moi enseignons depuis une dizaine d'années aux futurs biologistes comment utiliser les outils de la bio-informatique. Nous connaissons les modèles et les approches qui fonctionnent. C'est cette expertise que nous avons transposée dans la plateforme avec l'aide de Mickaël Camus, qui a rendu son utilisation fluide.»

Déjà, des bio-informaticiens provenant de huit universités canadiennes sont intéressés à partager leurs algorithmes avec la communauté scientifique grâce à MIMsOmic. Ils pourront ainsi se consacrer à la création de nouveaux algorithmes. «Nous ne sommes pas subventionnés pour effectuer des analyses pour le compte des biologistes, déplore Abdoulaye Baniré Diallo. Pour obtenir des fonds de recherche, nous devons trouver de nouveaux algorithmes et publier nos résultats.»

Cela pourrait bien changer, espère Sarah Jenna. «Les utilisateurs de MIMsOmic devront citer l'article de référence lié à l'algorithme qu'ils auront utilisé sur la plateforme, explique-t-elle. Nous souhaitons que cette visibilité augmente la crédibilité du travail des bio-informaticiens et leur permette d'obtenir des fonds de recherche pour leur collaboration aux projets de ce type.»

En mode accélérateur!

L'aventure de MIMs a débuté officiellement en janvier 2016, lorsque Sarah Jenna, Abdoulaye Baniré Diallo et Mickaël Camus ont rencontré les membres du Service des partenariats et du soutien à l'innovation (SePSI) de l'UQAM. «Ce sont eux qui nous ont mis en contact avec le centre de valorisation Aligo et Fasken Martineau, la firme d'avocats qui nous a accompagnés dans le processus d'incorporation de notre entreprise», relate la professeure. On s'en doute, la création d'une entreprise et d'une plateforme comme MIMsOmic nécessite de multiples alliances, partenariats et consultations auprès de plusieurs organisations, publiques et privées. «Nous travaillons, par exemple, à établir des partenariats avec des bio-banques intéressées à partager les données qu'elles possèdent sur des milliers de patients, illustre Sarah Jenna. L'objectif est de bonifier notre plateforme au maximum pour nos futurs utilisateurs.»

En avril dernier, My Intelligent Machines a été sélectionnée pour faire partie de la 10e cohorte de FounderFuel, l'un des plus importants accélérateurs de nouvelles entreprises en haute technologie au Canada. L'entreprise fut l'une des huit jeunes pousses retenues parmi 189 candidatures à l'échelle canadienne. «Cela nous permet de rencontrer plein de gens stimulants et de faire progresser rapidement notre compagnie», conclut Sarah Jenna, fébrile à l'aube du lancement officiel. 

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